第一阶段：肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若未能及时治疗，炎症即可以向肛门周围蔓延。
第二阶段：炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。如果炎症不能得到控制，就能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。
第三阶段：由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，成为病菌入侵、扩散，积聚繁殖的地方，致使这里的组织感染，发炎，形成肛门直肠周围脓肿。若肛门直肠周围脓肿延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情复杂化。
第四阶段：肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流换药处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃破口却久不愈合，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺瘘道流出，反复感染。反复发作，久不能自愈而形成瘘管。
有脓性、血性粘液分泌物流出是肛瘘的主要症状，病人常感到肛门处潮湿，内裤不净，由于脓性分泌物外溢，不断刺激，使肛周潮湿不适，引起肛门周围皮肤瘙痒，有时形成湿疹，如肛瘘引流不畅，局部再次发炎时还可引起肛周疼痛，大便不适等症状，另外还可出现排便不畅，便意不尽的感觉。
在临床中很多病人觉得肛瘘只不过有时间断有脓液自瘘管外口流出，不影响生活，不影响工作，没什么大的妨碍，因此不愿意就诊。其实这种观念是非常错误的。如果在肛瘘形成的第一第二阶段积极治疗，也许能抑制炎症进展，不至于形成肛瘘。肛瘘一旦形成，不能自愈常反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且因肛周脓肿形成大的纤维化瘢痕，影响肛门的舒张和闭合，同时随着炎症的扩散还可形成直肠阴道瘘，直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器。并且肛瘘也有恶变倾向。因此肛瘘应尽早治疗。
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