医院外一科病区是集普外科、泌尿外科、烧伤外科一起的综合性科室，现有医护人员17人，其中副主任医师2人，中级职称5人，硕士研究生1人。
普通外科：立足于普通外科常见病多发病的诊治及手术治疗，专注于腹腔镜微创手术，致力于解决普通外科疑难杂症，开展了贲门癌根治术，胃癌根治性近端、远端胃切除及全胃切除术，结肠癌根治术，直肠癌根治术，疝修补术，血管外科手术，腹腔镜手术等普通外科各种大中小型手术。
泌尿外科：主要诊治泌尿系统及男性生殖系统常见病、多发病，开展了尿路结石，泌尿及男性生殖系统肿瘤、畸形，肾积水，前列腺增生，鞘膜积液，尿道狭窄等泌尿外科大中小型手术，输尿管镜钬激光碎石、前列腺及膀胱肿瘤电切等微创手术，复杂肾结石手术在合川处于领先水平。
烧伤科：为重庆市重点中医专科，采用中西医结合治疗各种烧伤，烫伤，电击伤，化学烧伤等，本院研制的“烧伤1号”，“烧伤愈合粉”制剂治疗效果显著，开展了烧伤切痂植皮，皮瓣转移，瘢痕整形等手术，烧伤救治医院处于领先地位。
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外二科病区（脑外科、乳腺甲状腺胰腺外科、耳鼻喉科）外二科病区是集脑外、甲状腺、乳腺及胰腺（三腺）、耳鼻喉为一体的综合科室，现有医生7名，其中副主任医师2名，主治医师3名。科内医医院进修培训并与之建立长期合作关系，掌握国内外先进的医疗技术和理念。
脑外科专业组拥有电动开颅系统、神经外科专用层流手术间等先进设备。开展了颅脑外伤、颅内肿瘤、高血压脑出血、颅骨缺损、脑积水及外伤性癫痫等专科疾病的诊断及手术治疗。
乳腺、甲状腺、胰腺外科专业组在乳腺肿瘤，甲状腺肿瘤、胰腺疾病预防、预测、早期诊断、规范化治疗具有丰富临床及科研经验，目前开展乳腺、甲状腺良恶性肿瘤切除术，并取得良好的效果。
耳鼻喉科拥有日本、韩国进口的多套鼻腔----鼻窦内窥镜、电脑成像检查系统、鼻腔电动切割吸引系统、全电脑控制微波治疗仪、支撑喉镜、食道镜等先进仪器设备，开展了耳鼻喉科多种检查、治疗和手术，并结合自身特色，中西医结合，药物与手术结合，治标与治本结合，对耳鼻喉科常见病，多发病及慢性顽固性疾病有良好的治疗效果。
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外三科病区（肝胆、胸外、肛肠外科）外三科病区是集肝胆外科、胸外科、肛肠外科一起的综合性科室，现有床位42张，医护人员16人，其中有高级职称2人，中级职称5人，医院、医院、重庆医科大学附一院进修学习，有丰富的临床经验和精湛的技术水平。
肝胆外科主要治疗肝胆管结石、胆囊结石、肝胆肿瘤、肝囊肿、胆管囊肿、胆管畸形、胰腺炎、胰腺肿瘤、胰腺囊肿、肝硬化、门静脉高压症、脾破裂、脾肿瘤等。目前主要开展腹腔镜胆囊切除术、腹腔镜肝囊肿开窗术、肝部分切除术、肝叶切除术、肝肿瘤切除术、肝门部胆管癌根治术、胆总管切开取石术、胆管-空肠吻合术、脾切除术、贲门周围血管离断术（门-奇断流术）、胰体尾部肿瘤切除术、胰囊肿-空肠吻合术等。
胸外科主要治疗胸部创伤、血气胸、胸骨骨折、脓胸、食道癌、肺癌、肺良性肿瘤、肺大泡、纵膈肿瘤、贲门失弛缓症、食道异物、膈疝、食道良性肿瘤、胸壁肿瘤等。目前主要开展食道癌根治术、肺癌根治术、肺叶切除术、肺大泡切除术、纵膈肿瘤切除术、肋骨骨折固定术、膈疝修补术、胸壁肿瘤切除术等。
肛肠外科主要治疗结肠癌、直肠癌、肛周脓肿、肛裂、复杂性肛瘘、婴幼儿肛瘘、重症痔疮、肛管狭窄、肛乳头肥大、纤维瘤、直肠息肉、直肠息肉、直肠脱垂、先天性肛门畸形、直肠阴道瘘、肛门整形、顽固性便秘等等，尤其擅长用微创TST、PPH,高频电离子、肛肠多功能检查治疗仪治疗肛肠疑难重症。
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手术室麻醉科手术麻醉科成立于年8月，现有专业麻醉医生8人，护理人员18人，其中高级职称1人，中级职称5人。科室现配有先进净化层流手术室7间，其中百级1间，千级2间，万级4间。麻醉恢复室一间设2个病床。每个手术间均配有中心塔吊系统（中心供氧，负压吸引，中心CO2，中心笑气，废气排放，电源等），多功能手术床，电刀电淩，通体无影手术灯，一流多功能麻醉机（迈瑞WATOEX-55），多功能监护仪（迈瑞BeneViewT5/T8）。进口C型臂2台。骨科动力系统，神经外科动力系统各一套，腹腔镜设备2套，进口关节镜设备一套，HANS-H85医用钬激光治疗机一套、输尿管镜一套。还配备了靶控输注泵6台，除颤设备一套，可视喉镜、喉罩等困难气道处理及急救设备。
手术室每年完成多台手术，承担全院各手术科室的临床麻醉、重症急救与复苏及开展疼痛治疗的工作。开展全凭静脉麻醉、气管内全身麻醉、硬腰联合麻醉、持续硬膜外麻醉、区域神经阻滞麻醉等麻醉技术，开展术后硬膜外自控镇痛术(PECA)、静脉自控镇痛术（PCIA）、无痛人流术、无痛胃肠镜术、分娩镇痛术，为术后病人、人流患者、分娩产妇提供优质的服务，确保痛症病人的良好生存质量。同时术中开展有创动脉检测，血气分析、呼末CO2检测，麻醉深度检测，肌松检测，体温监测、深静脉穿刺等先进技术，开展了脊柱损伤、重型颅脑损伤、在施行频死病例的急救复苏和各种危重病人急救工作中多方位提供急救医疗技术需求；并能将临床经验监测与设备监测有机地结合起来，为临床危重病人的诊治提供第一手资料、为重大手术病人提供安全保障，有效地提高了麻醉质量和水平，大大增加了重大手术及危重病人抢救成功率。
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