真菌的细胞结构比细菌还要复杂和高级，已经进化成真核生物了，也就是细胞核具有核膜，细胞能进行有丝分裂，细胞中存在各种复杂的细胞器。所以真菌对环境的适应能力更强。真菌的细胞结构和人类细胞差不多，只是外面多了一层由纤维素和几丁质构成的细胞壁。
真菌的种类繁多，包括霉菌（环境中各种各样的霉），酵母菌（酒厂和家里和面用的酵母），蕈(xùn)菌（各种蘑菇及灵芝）和黏菌（有肉灵芝之称的太岁即属此类）。这么多种类的真菌中能引起人类疾病的种类也不少，真菌的致病性也分为感染和毒素。
真菌的感染分为两种，外源性感染和条件致病性感染。一些外源性的真菌感染可引起皮肤、皮下和全身性疾病。比如皮肤癣菌有嗜角蛋白特性，在皮肤局部大量增殖后，通过机械刺激和代谢产物的作用引起局部的炎症和病变，从而引起手足癣、甲癣（灰指甲）等等。
当然人的皮肤黏膜和正常菌群对皮肤癣菌是有一定屏障作用的，比如健康人皮肤分泌的不饱和脂肪酸有杀真菌作用，儿童的皮脂腺发育不够完善，所以很容易感染真菌。成年人的手掌、脚掌指缝也缺乏皮脂腺，所以真菌易在其中繁殖,这也是为什么脚气从指缝开始的原因。
条件致病性感染是指这些真菌平常就在我们的体表或者腔道中生活，在机体免疫力低下的时候，他就趁虚而入引起感染。现在由于抗生素（破坏菌群平衡）、皮质类固醇激素、免疫抑制剂及抗肿瘤药物的使用，使得机体的免疫力受到抑制，这些真菌感染的机会大大增加了。
比如白假丝酵母（白念珠菌），它平常就是生活在人体各种腔道的正常菌群，一旦你免疫力下降，他就趁你病要你命，可以侵入人体很多部位，比如口腔黏膜的口疮、溃疡、口角糜烂，还有呼吸道炎症、肺炎，食管炎等等。
真菌生长缓慢，它的生长条件要求也很高，通常喜欢湿度高、温度高（22°以上）的地方，所以预防真菌感染最有效的方法就是保持干燥透气，还要避免与携带有真菌的人（比如脚气）直接接触。真菌的细胞结构与人类似，所以很多治疗真菌的药物副作用很大，皮肤癣就较难根治，容易复发。
真菌的致病性还有真菌性毒素中毒，很多种真菌多能产生毒素，比如黄曲霉的黄曲霉毒素，可引起肝癌。杂色霉的杂色霉毒素可以引起肝损伤；橘青霉的橘青霉毒素可引起肾小球损害等等。还有甘蔗变红之后，甘蔗节菱孢霉产生的毒素为3-硝基丙酸，是一种神经毒素，主要损害中枢神经系统。
不过真菌性的中毒与细菌不一样，有地区性和季节性，但是没有传染性，不会引起流行。
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